融入维吾尔族呗。
如同乌兹别克族一样，乌兹别克人多数都还是中亚土著粟特和西突厥各部后裔，但他们的民族名称是来源于少数金帐汗国分裂后才进入中亚的乌兹别克人（即月即别人）。
而维吾尔人呢，维吾尔人多数还都是新疆土著塞人、吐火罗人、西突厥人、汉人后裔，民族名称来源于从蒙古高原西迁来的回鹘人（即维吾尔人的古代音译）。
审视一下高昌回鹘的同时代吧：
西边：喀喇汗王朝的民族构成，基本是西突厥各部。虽然无法认定喀喇汗王朝到底是什么部落建立的，但喀喇汗王朝的建立和回鹘西迁有千丝万缕的联系，同时代高昌回鹘人也有卜古可汗在中亚建城的传说，喀喇汗王朝学者编纂的《突厥语大词典》甚至指明说回鹘语是最正宗的突厥语等等。所以说虽然无法认定喀喇汗王朝与回鹘的关系，但肯定来说，在回鹘汗国强盛时，喀喇汗王朝建立者的祖宗，肯定也是被回鹘统辖的，说不定就是回鹘分封过去的封疆大吏的后裔，也说不定就是西迁回鹘可汗的后裔。
西南：于阗国的民族构成，基本是塞人为主。后来被突厥化了。
而高昌回鹘自己呢？
高昌回鹘的民族构成是非常复杂的，除了最晚迁徙来的回鹘人之外，还有有突厥人、汉人、吐蕃人、龙家人等等。
突厥人，这个没啥好说的，与回鹘基本上是同文同种，只是政治分化不同罢了。
吐蕃人，是吐蕃控制新疆时期迁来的。高昌回鹘建立的重要基础就是仆固俊率领归义军中的回鹘人击败论恐热，而论恐热就是割据新疆东部和甘肃一带的吐蕃军阀。
汉人，没啥好说的，高昌回鹘和唐朝的遗民。宋史王延德甚至在伊州（哈密一带）见到了高昌回鹘在伊州的守将，自称姓陈，是唐将后裔。可见此时汉人尚未完全回鹘化。
龙家人，其实就是吐火罗人半汉化后产生的新族群。其族群名称来源于焉耆王室，焉耆国王汉姓为龙，在南北朝时代焉耆发展为新疆强国，焉耆在魏晋南北朝时代与河西走廊汉人割据政权关系密切，有很高的汉化程度了。唐朝统治时期，吐鲁番文书中有很多龙姓百姓的文书，可以推测唐朝时期，龙家人基本也和汉人没啥差距了。不过嘛，民族融合是个很漫长的过程，所以在高昌回鹘时期，龙家人依然有留存。当然，龙家人汉化程度如此高，却依然被视为一个独立族群的原因，大概还是——吐火罗人的长相。
最后经过高昌回鹘的漫长统治，外来的回鹘人逐渐同化了当地的突厥（这个最容易）、吐蕃、汉人、龙家。大伙都成回鹘了，也就是元朝时期的畏兀儿金时族了。回鹘人本来就文明程度高，而新融入回鹘的汉人、龙家人有很强的农耕技术，也因此提升了高昌回鹘的文明程度。导致畏兀儿这个名号越来越响亮，在蒙古西征的年代，高昌回鹘已经衰落的时候，周围的草原强部都打畏兀儿的名号了。比如乃蛮人就用畏兀儿的文字，重用畏兀儿人为文臣，乃蛮人在蒙古的后裔，有的直接还被打上了畏兀儿人的印记。
比如赵敏她爹……哦不，王保保的舅舅察罕帖木儿：
这是个乃蛮人，然而按照元朝人和明朝人的民族分类法，他也成了畏兀儿人了。
不过话说回来，如果不是后来东察合台汗国收留哈萨克汗国，导致哈萨克人势力东扩，大批游牧部落不愿意效忠定居化的东察合台汗国。那么哈萨克大玉兹部分的很多部落氏族，恐怕在现代就是维吾尔人了。
而畏兀儿这个名号，在蒙古统治中亚的时期依然响亮。希瓦汗国编纂的《乌古斯可汗传》里，那个传说中的成吉思汗祖宗，突厥人或者说蒙古人中第一个皈依伊斯兰的可汗，征服过全世界的牛人……
这个虚构的祖宗自己的部落就是畏兀儿人……
关键编这个历史的希瓦汗国还跟维吾尔人毛关系都没有，这完全是是畏兀儿人在蒙古西征前对游牧部落的号召力，以及蒙古西征后畏兀儿人多为蒙古文吏地位较高导致的。当然这样编，也可能是要附会在当时世界上已有流传的畏兀儿人先祖卜古可汗的意思。
卜古可汗的原型，可能就是回鹘汗国雄主怀信可汗的事迹+高昌回鹘建立者归义军回鹘将领仆固俊的姓氏糅合而成的。
反正无论怎么说，可见畏兀儿这个招牌，在蒙古时代有多好用了。
而这个畏兀儿人，其中有部分就是回鹘化的汉人。
而为什么吐哈一带的维吾尔族，只有部分来源是汉人，却大多数人没有南疆维吾尔族那么有明显的印欧人长相呢？这个原因很简单，古代突厥人，本就是混血偏黄种。而高昌回鹘人的来源中，除了龙家人是印欧人外，其他突厥回鹘汉人都是蒙古人种因素居多。
而南疆维吾尔族，更多的继承了于阗人的血统。以及活跃在新疆西部的混了大量粟特血统的西突厥部落。典型的比如葛逻禄人，就是粟特和突厥的混血。
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